El Archivo de la diócesis de Guadix se remonta al siglo XV con la publicación de la bula de erección de su catedral del año 1.492 Este documento no menciona expresamente la creación del al Archivo, aunque su propia naturaleza dio lugar a la firma y publicación de escritos y documentos que requirieron su archivo y el ordenamiento posterior. A partir de la publicación de la Consueta (conjunto de reglas por las que funciona el Cabildo) se alude ya al Archivo, que alberga miles de libros y documentos clasificados y ordenados. El gran patrimonio que conserva desde su nacimiento se ha agilizado incorporando, en un único espacio, la colección de documentos que durante siglos se han generado en la diócesis de Guadix-Baza, así como su digitalización y ordenación.
Desde el pasado 2016, el Archivo diocesano se ubica en la antigua iglesia mudéjar de la Magdalena de la ciudad de Guadix, tras la gran obra de adecuación y trasformación realizada por un taller de empleo dirigido y gestionado por el Obispado. La transformación interior y dotaciones para su colocación y exposición se han llevado a cabo con los fondos europeos que gestiona el Grupo de Desarrollo de la comarca de Guadix (GDR)
El contenido del Archivo es de una gran variedad y de un valor incalculable. Contiene documentos relacionados con la historia y desarrollo de la iglesia en la comarca accitana, junto a órdenes y cédulas reales, legajos, pergaminos e incunables, alguno de los cuales se remonta a tiempos de los Reyes Católicos. Esta documentación es de un gran valor histórico y patrimonial y está abierta a la consulta personal de investigadores y estudiosos, que durante el año pasado alcanzó la cifra de 500 aproximadamente.
En esta nueva etapa, el Archivo pone en manos de los expertos un patrimonio que posibilitará la investigación y actualización de diferentes etapas de nuestra historia , pero también se abre al público , en general, para que pueda visitar y conocer la riqueza que acumula y conserva esta institución diocesana.